喵喵将差不多娃娃们骗走后，就不装了，按动了手里的遥控器后就用笼子将皮卡丘和牙牙关在里面。
皮卡丘将计就计，没有反抗的和牙牙一起被喵喵从通风口扔了下去。
当小智三人和乔伊小姐来到保管室中的时候就发现了全部的精灵球以及皮卡丘它们都不见了。
小智道：“乔伊小姐，麻烦你联系君莎小姐不用去吊桥，去金轮镇的方向。”
乔伊小姐道：“我知道了。”
小智三人往通风口跳了下去，居然跳到了幽灵列车的正上方位置。
喵喵的声音传来道：“宝可梦中心里的所有精灵球都到手了。”
武藏道：“第一阶段的目标完成，小次郎剩下的交给你了。”
小次郎点了点头，用无线电联系了塞格博士，道：“塞格博士，第一阶段任务完成，可以启动第二阶段了。”
小智他们钻进了车厢中，皮卡丘早就用铁尾逃脱了出来，他们将自己宝可梦全都重新带在了身上，剩下的精灵球用火箭队的箱子全部搬到了车厢后面的门口。
此时的北尚和南厦也利用了麻麻鳗鱼王的电击快速的追击在了火箭队的幽灵列车后面，小智的手机响了起来，小智接了起来道：“北尚先生你们到了吗？”
北尚道：“我们已经到正后方的位置了。”
小智道：“艾莉丝，天桐准备好了吗？”
两人答道：“好了！”
小智道：“北尚先生、南厦先生你们接好精灵球。”
艾莉丝和天桐打开车厢门将车厢中的剩下的所有精灵球往后一扔，终于在出隧道前将精灵球交给了北尚和南厦，剩下只差对付火箭队了。
火箭队联系上了驾驶直升飞机的塞格博士，想要通过空中运输的方式将车厢中的精灵球带走。喵喵走到了后面，确定精灵球的情况，但却见到了小智三人。
“皮卡丘，使用铁尾。”
“皮卡！”皮卡丘帅气的一记铁尾直接将车厢的连接口切断。
天桐道：“小智看到了就是那个。”
“藤藤蛇就决定是你了，使用藤鞭。”
藤鞭拉住了控制轨道方向的开关，车厢就顺利与车头拉开了距离。
一架直升飞机冲出紧紧追在车厢的方向，小智道：“等你很久了！藤藤蛇飞叶风暴，皮卡丘十万伏特！”
飞叶风暴加上十万伏特直升机的螺旋桨成功被毁，即将要坠落。
“天桐，艾莉丝！”
“好！”
“花椰猴使用日光束！/牙牙使用龙之怒！”天桐和艾莉丝同时下达了命令，加速了车厢的移动。
“比雕、大王燕、姆克鹰交给你们了。”
小智三人翻身坐到三只飞行系的宝可梦身上，小智道：“往那边比雕，使用暴风！”
比雕对着火箭队三人所在的车头就直接使用了暴风将其掀翻，皮卡丘的十万伏特直接将他们轰飞。
“好讨厌的感觉啊！”