对户部官员的清理，并没有影响到顺天府的税制改革。
因为对顺天府这一小块地方的征税，本来就不需要多少官员。
事实上，在清理掉那些只知贪腐的无能官吏后，顺天府征税的事情，向前推进了一大截。
司农寺卿郭允厚，更是把有产税的征税情况向皇帝奏报，并且和内府监一起制定了十一税的政策，请求皇帝裁定：
“十一税的征收，按理说是每亩征收十分之一。”
“但是各亩产量不一，需要划下标准。”
“臣和内府监王公公商议，按照之前对军田征收正粮的办法，对永业田和爵田征收十一税。”
朱由检闻言询问道：
“之前对军田是如何征收正粮的？”
“和亩产的十分之一相差几何？”
郭允厚当即回道：
“每军受田五十亩为一分，最初亩税一斗。”
“后来定下军田一分正粮十二石，馀粮为本卫所官军俸粮。”
“五十亩十二石正粮，每亩都是二斗四升。”
“当前大明田地亩产两石多，每亩二斗四升，正好接近十一税。”
说着自己的理由，郭允厚又补充道：
“实际征收之时，按田地肥瘠不同各有差别。”
“按原本办法征收正粮改动最小，不用另外区别肥田瘦田，可以按以前的办法征税。”
“而且只缴正粮不缴余粮，已经是陛下的德政。”
“军户得知之后，必念陛下恩德。”
朱由检听着郭允厚的理由，对他这种图省事的做法很是不满，询问道：
“二百多年下来，土地肥瘦是否有变化？”
“原本的荒地是不是变成了水浇地？”
“原本的水浇地是不是因为河流干涸变成了旱地？”
“这些卿都查过吗？”
郭允厚讷讷不敢言，事实上他就是图省事，想着按以前的办法征税。
但是朱由检却不答应，他要的是清理二百多年的积弊，把整个大明重塑一遍，才好轻装上阵。
否则就会有李自成之类的人物完成这个任务，把整个大明打烂，重新分配土地建立新朝。
所以郭允厚的做法固然简单，也能保证十一税的征收，但是朱由检却不取，他下令道：
“所有卫所的土地，都要丈量后重新分配。”
“尽量以十五亩、三十亩这样的面积集中分配，同时还要保障每个军户军士至少有十五亩水浇地，剩下的水浇地才留给军官分配。”
“十一税的征收，暂且定为二斗。每年夏粮一斗，秋粮同样一斗。”
“如果是一年一熟或两年三熟的地方，两税要相应减少。”
“土地划分为上中下三等，中田、下田要相应降低，受灾时另外减税。”
“顺天府和北直隶试行这个政策，看成效再决定是否向其它地方推行。”
说着，朱由检又想起了一件事，盯着郭允厚道：
“朕之前定的标准尺，相比以前的尺长了一些吧？”
“为何郭卿觉得，能沿用以前的田册？”
郭允厚听闻此言，一时冷汗涔涔。
事实上他知道学堂丈量时用的是标准尺，只是为了图省事，故意忽略了这一点。
没想到皇帝专门点了出来，拿这一点责问他。
这让他实在无言以对，只能跪地请罪。
朱由检对他这种耍滑头很是不满意，但是郭允厚已经算是户部留下的官员中愿意做事的。所以他也只能在呵斥之后，勒令他好好做事。
不过作为制衡，他让秦士文率领边防部官员，参与卫所改制。卫所土地分配、把土地不足的卫所迁移到荒地去开荒，都需要边防部参与。
而且朱由检还规定了，卫所的军籍黄册要和地方黄册一样每十年重造一次，每隔三十年还要大造一次。
把逃亡、绝户的军户土地重新分配，并且给世袭官职有变化的军官和军士重新分配土地。
同时还要严查土地侵占、名实不一等情况，确保从军的士兵，实际拥有土地——
他知道有些人家一定会私下里分地，把朝廷分配的军田实际分一些给不从军的儿子。
这是需要明令禁止的，因为朝廷分配军田是为了供养士兵，一直分下去就没人愿意从军了。
所以朱由检让郭允厚确定，卫所的军田属于朝廷。军官和军士的永业田，更确切地说是拥有土地的永佃权——